Malgré la présence de services multiples, les configuration peuvent facilement être trouvable et copiable. C’est sur que pour t’éviter de le faire à la main (éditer les fichiers), tu devras tout de même copier les fichiers, si rien est en place pour un « backup » (script de copie par exemple), alors faut le faire à la main.
Tu ne dois pas être le premier dans ce cas de figure, alors je suis sur que sur le forum dédié à Nextcloud, ou en googlant, tu trouveras des explications. Je sais ce que ça représente, je gère des serveurs virtuel et dédié depuis des années.
Il peut également exister avec certains applications/services, un moyen d’exporter/sauvegarder la configuration. Il faudra consulter la documentation.
Bref, pas de solution miracle, tu devras quand même prendre du temps pour migrer.
Au sujet des dossiers… habituellement sous Raspbian et projets Raspberry, le gros du stock ce trouve dans le « /home ». Après, selon les services, tu les trouveras dans leurs dossiers, par exemple pour le partage Windows c’est « /etc/samba » pour être précis, le fichier « /etc/samba/smb.conf », la plupart des services sont dans le même cas de figure. Mais sauvegarder « /etc » au complet n’est pas idéal, car beaucoup de services critique s’y trouve (et des différences de versions), tu devras y faire le ménage avant de recopier sur le système cible. Pour le dossier « /var » et « /usr », même chose, tu va copier trop d’éléments qui pourrais causer problème.
La solution qui me semble la plus adapté est de faire une sauvegarde de la carte SD, et de tester après dans le RPi4. Si tout démarre, peut être quelques ajustement serais requis, mais tu arriverais à ce que tu veux. Sinon seras de voir si il est possible de « débugger » si certaines config système ont des erreurs.
Mais peux-êtres que le « apt upgrade » après le premier boot ajusterais les différences. Reste que sur le « /boot » (de la carte SD), les fichiers pour le RPi4 sont disponibles, même en étant sous une autre version (mais pas chargé par le OS).
Je n’ai pas de RPi4, mais je passe mes OS d’un RPi0,1 ou 3 et j’ai jamais eux de problème, même qui est plutot flexible. Malgré les amélioration du RPi4, je crois pas que la « recette » est tant changé au point de bloquer le OS (qui est compatible de base à tous les RPi).