Raspbian sur RPi4: kernel panic - not syncing: Attempted to kill init! exitcode=0x00000007

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Pour une raison inconnue, mon RPi4 (dernière version de Raspbian) s’est arrêté hier soir lors d’une mise à jour sans surveillance (unattended upgrade). Les traces les plus récentes que j’ai trouvées dans /var/log sont:

pi@raspberrypi:~ $ tail /media/pi/ROOT/var/log/unattended-upgrades/unattended-upgrades.log
2020-04-13 04:08:04,863 INFO Initial whitelist:
2020-04-13 04:08:04,864 INFO Démarrage du script de mise à niveau automatique
2020-04-13 04:08:04,864 INFO Les origines permises sont: o=Debian,n=buster, o=deb.sury.org,n=buster, o=Raspberry Pi Foundation,n=buster, o=Raspbian,n=stretch,l=Raspbian, origin=Debian,codename=buster-updates, origin=Debian,codename=buster-proposed-updates, origin=Debian,codename=buster,label=Debian, origin=Debian,codename=buster,label=Debian-Security
2020-04-13 06:47:48,301 INFO Checking if system is running on battery is skipped. Please install powermgmt-base package to check power status and skip installing updates when the system is running on battery.
2020-04-13 06:47:48,345 INFO Initial blacklist :
2020-04-13 06:47:48,346 INFO Initial whitelist:
2020-04-13 06:47:48,347 INFO Démarrage du script de mise à niveau automatique
2020-04-13 06:47:48,348 INFO Les origines permises sont: o=Debian,n=buster, o=deb.sury.org,n=buster, o=Raspberry Pi Foundation,n=buster, o=Raspbian,n=stretch,l=Raspbian, origin=
Debian,codename=buster-updates, origin=Debian,codename=buster-proposed-updates, origin=Debian,codename=buster,label=Debian, origin=Debian,codename=buster,label=Debian-Security
2020-04-13 06:48:06,090 INFO Paquets mis à niveau: fonts-opensymbol libreoffice libreoffice-avmedia-backend-gstreamer libreoffice-base libreoffice-base-core libreoffice-base-dri
vers libreoffice-calc libreoffice-common libreoffice-core libreoffice-draw libreoffice-impress libreoffice-java-common libreoffice-math libreoffice-report-builder-bin libreoffic
e-sdbc-firebird libreoffice-sdbc-hsqldb libreoffice-style-colibre libreoffice-style-tango libreoffice-writer python3-uno rpi-eeprom rpi-eeprom-images uno-libs3 ure
2020-04-13 06:48:06,091 INFO Writing dpkg log to /var/log/unattended-upgrades/unattended-upgrades-dpkg.log

ou encore:

pi@raspberrypi:~ $ tail /media/pi/ROOT/var/log/dpkg.log
2020-04-13 06:48:26 status half-configured libreoffice-draw:armhf 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5
2020-04-13 06:48:26 status unpacked libreoffice-draw:armhf 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5
2020-04-13 06:48:26 status half-installed libreoffice-draw:armhf 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5
2020-04-13 06:48:26 status unpacked libreoffice-draw:armhf 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5+rpt1
2020-04-13 06:48:27 upgrade python3-uno:armhf 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5+rpt1
2020-04-13 06:48:27 status half-configured python3-uno:armhf 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5
2020-04-13 06:48:27 status unpacked python3-uno:armhf 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5
2020-04-13 06:48:27 status half-installed python3-uno:armhf 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5
2020-04-13 06:48:27 status unpacked python3-uno:armhf 1:6.1.5-3+rpi1+deb10u5+rpt1

Et d’autres à 6h48, toutes liées à la mise à niveau. Donc pas de problème évident…

Malheureusement, quand j’essaie de redémarrer le Pi, je reçois :

kernel panic - not syncing: Attempted to kill init! exitcode=0x00000007

Je ne peux pas voir le « vrai » message avant celui-ci car il défile très vite et je ne trouve aucun journal.

Ma configuration démarre sur un disque dur (configuré dans cmdline.txt) donc je l’ai changée pour démarrer sur la carte SD et là, tout fonctionne bien ==> la carte SD elle-même n’a aucun problème…

Dans cette configuration, le disque dur est monté automatiquement sur /media/pi/ROOT, je peux le lire sans aucun problème, et j’ai vérifié avec fsck.ext4 qui m’a dit qu’il était ok. (vérifié aussi sur une autre machine linux)

$ sudo fsck.ext4 -y /dev/sda1
e2fsck 1.44.5 (15-Dec-2018)
ROOT: clean, 418057/1835008 files, 3114608/7325696 blocks

Si vous avez une idée pour me sortir de là, je suis grave dans la m… j’ai 3 serveurs web, mon serveur de mail, mon nextcloud, … dessus.
Merci d’avance!

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Bonjour,

Je ne connais pas trop le principe de boot sur un HDD avec le PI4, mais de ce qu j’en ai compris, se serait la partition de boot sur la SD et les autres partitions sur le HDD.

Au regard de la liste des paquets mis à jour, j’ai l’impression qu’il n y a que 2 paquets qui toucheraient la partie système de démarrage rpi-eeprom rpi-eeprom-images.
Je penche donc pour un problème logiciel plutôt sur la carte SD. Car les autres paquets, libroffice, python , ure doivent être installés coté HDD.

Je n’ai trouvé aucune occurence rpi4 rpi-eprom kernel panic, ça ne doit donc pas être un problème général.

Voici ce que je tenterais:
1 - fsck sur la partition /boot qui doit être sur la SD ? et redémarrer
Si KO
2 - débrancher le disque dur
3 - installer un Raspbian stretch sur une autre carte SD
4 - y faire les dernières mises à jour (je pense ua paquets rpi-eeprom)
5 - modifier cmdline.txt pour prendre en compte le disque
6 - redémarrer avec le disque.
Théoriquement la liste des paquets est toujours sur le disque dur il y aura probablement les dernier paquets dans un état incomplet ? Il faudra certainement jouer un peu avec des commandes apt.

Je ne suis pas trop inquiet à priori pour les données du disque dur. je ne pense pas qu’il y ai d’impact de ce coté.

Bon courage.
Tiens nous au courant.

A+

3

Merci @jelopo
J’ai déjà fait le fsck sur la carte SD et il est ok (et j’arrive à booter dessus quand je modifie le cmdline.txt).
Je vais quand même essayer de réinstaller raspbian sur une autre carte SD et changer le cmdline.txt pour voir. Je vais d’abord essayer sans faire les modifs éventuelles sur rpi-eeprom pour vérifier si le problème ne vient pas de là…
Je vous tiens au courant
A+

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hello,

si c’est juste avant le plantage ça indiquerait que le Rpi était mal allimenté ( alim trop faible ? surchauffe ? )
et finalement il s’est arrêté …

En général les disques n’apprécie pas trop ces interruptions brutales et on peut imaginer que ton kernel panic vient d’un problème de lecture sur ce disque ( au chargement des modules du kernel par exemple )
donc pour être sur de l’état de ton disque tu pourrais y faire une recherche d’erreur de surface avec badblocks ( https://linux-actif.fr/badblocks ) sur un PC linux.

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J’allais faire la mise a jour aujourd’hui, j’ai la même config que toi, boot sur carte SD et rootfs sur SSD, je vais peut être attendre.

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hello,

j’ai aussi la partition root sur une clé USB et avant de répondre a ce post j’ai fait une mise a jour sans problème. ( eeprom et libreoffice,python …)
Le problème évoqué ici vient certainement du plantage lors de la mise à jour… mais bon ça empêche pas de faire une sauvegarde avant :wink:

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@bof je suis hors sujet, mais comment tu sauvegarde ton rootfs?
J’ai toujours eu des echecs…

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Hello, merci à tous de votre soutien :wink:
Ca remarche et le problème se trouvait … dans le câble USB-SATA entre le Pi et le disque.
Après avoir retesté à nouveau, je me suis aperçu que je n’accédait plus du tout au disque avec un message parlant explicitement du câble au boot.
J’ai utilisé un boitier pour disque externe différent que j’avais sous la main et miracle!

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Super !
Content pour toi ! :+1:t2:

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vaste sujet ! en fait ça dépend des circonstances et des besoins:
Avec tar (Xarchiver en graphique) je fais des archives des /home , /Images Documents) et /var/www/html pour les sites web que je stocke sur un HD amovible.

Je fais aussi souvent des copies ponctuelles des fichiers utiles ( des programmes, des scripts ) soit sur un disque amovibles soit sur mon PC soit les deux quand j’y tiens vraiment !

J’essaye aussi de la même manière de conserver dans des fichiers textes, les procédures d’installations des applications un peu lourde a configurer ou au minimum le lien vers le tuto.

Comme le gros de l’OS du Rpi est facile a réinstaller ( surtout si on a garder une trace des trucs moins évident ) je ne sauvegarde jamais les partitions entières; mais je ne l’utilise que pour un usage récréatif ( voir parfois créatif lol ) ce serait forcément différent si des contraintes de disponibilité l’exigeaient.

Dans ce cas la il existe des outils en ligne de commande (partimage, clonezilla, dd) ou en graphique (SBackup) pour sauvegarder la partition entière à l’identique ou sous forme d’un fichier img ou iso ( les format qui permet de recréer une carte sd ou une partition sur disque.) et là c’est la prise de tête ! sur combien de support je garde mes sauvegardes, combien de temps, etc.

Donc en résumé sauf si tu fais ta compta, ta paie ou ta gestion ( la en plus il y a la misère des contraintes légales ! ) ou si tu y héberges un site web dynamique sur ton Rpi , une sauvegarde sur deux périphériques distincts ( les disques ne sont pas immortels ! ) des fichiers auxquels tu tiens devrais suffire :wink:

plus d’info : Tutoriel : La sauvegarde sous GNU/linux

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Hello @Fars et @bof, il y a aussi backintime sur raspberrypi, un second disque pour le backup et ça fonctionne (quand on n’a pas de problème de câcle USB :wink: )

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@bof et @leolivier Merci pour vos conseils, la semaine prochaine, je vais avoir du temps, je vais me pencher sur vos bons conseils!
Merci à vous et bon week end :wink: